Kostel dlouhodobě chátral, a proto se zastupitelé obce dohodli s Římskokatolickou farností Kralupy nad Vltavou a podepsali v roce 2020 darovací smlouvu. Obec v roce 2021, ihned po převodu kostela, začala pracovat na projektu obnovy areálu a na konci roku 2022 bylo vydáno stavební povolení.Ukázalo se, že stav kostela je v mnohem horším stavu, než se předpokládalo, a vyžaduje mnoho odborných zásahů.
Střecha
V rámci obnovy střechy byly vyměněny nebo nastaveny části krovu lodi, sakristie a předsíně, byla posílena nosnost stropu lodi kostela, a to vložením dvou trámů napříč, částečně nepůvodní trámová konstrukce sanktusové věže byla navrácena do původního stavu, zhlaví trámů krovu lodi a presbytáře bylo svázáno ocelovými kovanými třmeny. Také bylo obnoveno měděné oplechování sanktusníkové věže a instalovány měděné žlaby a svody. V neposlední řadě byla navrácena původní pálená střešní krytina bobrovka, včetně volských oken. Na vrchol západního průčelí
kostela byla umístěna, dle dobových fotografií, kopie kamenného kříže.
Statika
Při stavebních pracích bylo zjištěno, že statické poruchy popsané v posudku z konce 80. let nebyly opraveny, ale pouze zakryty fasádou a omítkou. Poruchy byly statikem vyhodnoceny jako deformace svislých konstrukcí vlivem dlouhodobě poškozeného původního gotického vysokého krovu, kde se vlivem tíhy krovu špatně roznášely síly do obvodového zdiva. Dobrou zprávou bylo, že neošetřené trhliny ve zdivu se za 35 let
jen minimálně propsaly do omítek, což vedlo k potvrzení hypotézy, že příčina je již odstraněna. Při postupném odhalování a čištění statických poruch se zjistilo, že jsou početné, rozsáhlé a hluboké. Jednalo se nejen o poškození obvodových stěn, ale hlavně o narušení klenby presbytáře a poškození vítězného oblouku. Trhliny byly vyčištěny, vyklínovány dubovými a kamennými klíny a vyplněny hloubkovou injektáží.
Omítky
Soklové vnější i vnitřní omítky byly opakovaně odsolovány a následně nahozeny. ozsah nových omítek byl pod dozorem památkové péče minimalizován, aby nedošlo ke zbytečným ztrátám historické omítky a malby. V rámci restaurátorských prací byly restaurovány všechny kamenné prvky stavby, včetně korunní římsy, portálů, schodů, klenebních žeber a ostění oken. Vnitřní a vnější omítky byly lokálně vyspraveny, celoplošně očištěny a ošetřeny vápenným fasádním a interiérovým nátěrem v odstínech určených památkovou péčí na základě restaurátorských průzkumů. Byly
nalezeny náznaky historické fresky, které byly odborně zmapovány a následně zakryty pro další generace.
Dveře / okna
V rámci obnovy byly restaurovány všechny dveře a okna, a to jak ty se dřevěnými rámy, tak sedm velkých lomených oken s litinovým rastrem. Barevnost dveří byla vybrána na základě sond do souvrství předchozích nátěrů. Během prací byla vypsána studentská soutěž na grafické návrhy vitráží do oken s lomeným obloukem. Vítězný návrh byl vybrán komisí složenou odborníky a umělci i zástupci obce. V současnosti probíhá v Novém Boru, v ateliéru pana Miroslava Kressla a Milana Augustýna, jejich
výroba a postupná instalace. Do průčelí hlavního vchodu byla instalována kovaná mříž, která umožní nahlédnutí kolemjdoucích, větrání a především možnost spočinutí věřících v tiché modlitbě.
Podlaha
Při restaurátorském průzkumu podlahy kostela byla nalezena poměrně zachovalá původní pískovcová dlažba. Po dlouhých debatách s pracovníky památkové péče, restaurátory a projektantem, bylo přistoupeno k demontáži barevné cementové dlažby z počátku 20. století, především z důvodů možnosti přirozeného odvětrání základů stavby. V neposlední řadě je její estetická a historická hodnota snoubící se s celkovým interiérem kostela.
Okolí kostela
Areál kostela nyní také prochází obnovou, byla obnovena ohradní zídka a kovové zábradlí. Vykácením nevhodných dřevin došlo k provzdušnění okolí a vpuštění slunečního světla, což opět přispěje k odvlhčení stavby. V areálu jsou, dle zahradního projektu, vysázeny keře a květiny a obnoveny cesty.
Zvonice
Práce na solitérní dřevěné zvonici stojící v jihovýchodním rohu areálu již také započaly. Byla opravena kamenná podezdívka a schodiště. Do zvonice byl umístěn nový zvon v tónu A2 o hmotnosti 65 kg a průměrem 470 mm. Tento zvon je kopií jednoho ze dvou rekvírovaných zvonů a je vytvořený dle dochovaných fotografií a popisu v historických dokumentech. Zvon byl ulit na Moravě ve zvonařské dílně Uměleckého zvonařství Dytrychová.
Krypta 3D SCAN krypty kostela
Při opravě dlažby byl v podlaze presbytáře nalezen průduch, což oživilo naděje ohledně dlouho a marně hledané kostelní krypty. Následný kamerový průzkum odhalil zachovalou prostornou kamennou klenutou kryptu, a to v ose presbytáře se schodištěm směřujícím do kostelní lodi. V kryptě byly nalezeny rozpadlé rakve s kosterními pozůstatky. V kryptě by mělo být dle neověřených údajů 8 rakví.
Rekonstrukce kostela jako takového byla ukončena v červenci roku 2025.
Slavnostní znovuotevření kostela sv. Ondřeje v Nelahozevsi proběhne 30. listopadu 2025 od 13:45.
